Køge Havn er en del af Skandinavisk Transport Center, der er Sjællands største sammenhængende erhvervs- og transportområde. Køge Havn har gode faciliteter til bulk m.m. Målt på både godsomsætning og anløb er Køge Havn en af landets større havne og omsætter ca. 2 mill. tons gods. Med den planlagte udvidelse bliver det muligt at realisere en fordobling i godsomsætningen i de kommende 5 - 10år.

I 2002 blev Køge færgehavn med en godsfærge mellem Køge og Rønne. To år senere blev ruten ændret til en passager- og godsfærge (ropax), der afløste den tidligere passagerfærge fra København til Rønne. Den flotte nye terminal til Bornholmsfærgen ligger ca. 500 meter fra Køge Station og der går bus mellem færgeterminalen og stationen, hvorfra der med S-toget er direkte forbindelse til København. Med omkring 100.000 passagerer hvert år, er der livlig trafik i færgehavnen.

Køge Havn og Køge Kommune er i gang med en stor udvidelse af Køge Havn med 1.200 m ny kaj med en vanddybde på 8,5 m samt et nyt landareal på 40 ha. Udvidelsen er underlagt en lokalplan fra 2006 og kommer bl.a. til at omfatte flere havnevirksomheder og erhvervsområder.

Samtidig er hele Søndre Havn en del af et større byomlægningsprojekt i Køge Kommune, hvor man planlægger at flytte de industrielle aktiviteter væk fra de meget attraktive områder og etablere et helt nyt byområde med blandet bolig, erhverv, kultur og rekreative områder.  Der er udformet en visionsrapport, hvor man kan læse mere.